Moderne alkymi
Alkymi regnes til vanlig som forløperen til moderne kjemi. Målet var ofte å finne noe som kunne lage gull av uedle metaller. Maleriet av H. Brandt som oppdaget fosfor etter å ha destillert flere tusen liter fermentert urin gir et godt bilde av våre forestillinger om alkymisten: mystiske prosesesser i det skjulte.
Etterhvert ble det klart at alkymien ikke hadde noe for seg, og at om du skal lage gull av noe annet så trenger du en partikkel-aksellerator og noen kjernefysiske reaksjoner.
Men denne uken har jeg fått utforske moderne alkymi i beregninger. Når vi utvikler nye forbindelser for å lage legemidler er vi ofte opptatt av å optimalisere affinitet, hvor sterkt forbindelser binder til målene (proteiner/enzymer oftest) sine. En av metodene som brukes for å estimere affinitet basert på strukturell informasjon (eksperimentelt bestemte strukturer eller modeller) er fri-energi pertubasjons-metoder (FEP) der en kjører beregninger på forbindelser i kompleks med målet sitt og sammenligner det med den samme forbindelsen i vann. For å lære noe om nye forbindelser (som en kanskje har lyst til å lage) kan en gjennom en serie med FEP-beregninger gjøre om en forbindelse til en annen igjennom alkymi. For kjemikalier er enten eller, de kan ikke være midt i mellom, men på datamaskinen kan vi lage hva som helst. Gjennom å lage "urealistiske" molekyler i simuleringer kan en gjennom et titalls steg bevege seg mellom ulike molekyler og bestemme bindingsenergiene for de ulike molekylene.